지자체 부가가치세 매입세액 점검 도구

행정 일과 함께 쓴 지출(청사 전기·통신·청소 등)은 과세사업과 면세사업등(면세사업 + 부가가치세가 과세되지 않는 재화·용역을 공급하는 사업)의 공통매입세액이다. 고유 행정사무에는 공급가액이 없어 '어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우'(영 제81조 제4항)로 보아 매입가액 비율 → 예정공급가액 비율 → 예정사용면적 비율 순서로 안분한다. 시설 안 공통(과세·면세 시설이 같이 쓴 것)과는 따로 묶는다.

행정 수입(지방세·과태료·수수료)은 재화·용역의 대가가 아니라 공급가액에 넣지 않는다 — 대법원은 대가가 아닌 국고보조금을 받은 비과세사업은 공급가액 비율(제1항)을 유추적용할 수 없고 제4항 각 호 등 다른 합리적인 방법으로 안분한다고 보았다(2017두55329). 2018-02-13 개정 뒤에는 면세사업등과 관련해 받은 국고·공공보조금은 면세공급가액에 넣는다(제1항 단서). 면적·계량으로 귀속을 가를 수 있는 청사 관리비는 공통이 아니라 실지귀속이다(조심2014서3012). 지자체 본청 고유사무를 직접 다룬 질의회신은 찾지 못했으므로 기준을 정하면 세무서 질의회신으로 굳힌다.

• 판례 대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 대가 아닌 국고보조금을 받은 비과세사업의 공통매입세액 안분
  과세사업과 비과세사업을 겸영하면 매입세액은 실지귀속으로 나누고, 공통매입세액은 면세사업 안분 규정(현 영 제81조 제1항)을 유추적용한다. 다만 비과세 용역의 대가가 아니라 국고보조금을 받은 경우에는 제1항을 유추적용할 수 없고, 같은 조 제4항 각 호 등 다른 합리적인 방법으로 비과세사업 귀속분을 가린다(철도 공익서비스 보상금 — 재정 원조 목적이라 과세표준에서 빼는 국고보조금). 같은 취지 대법원 2016. 3. 24. 2013두19875(한국환경공단), 2016. 6. 23. 2015두45731, 2011. 9. 8. 2009두16268. — 지자체 고유사무(지방세·교부세·과태료로 운영, 대가 없음)에 가장 가까운 법리. 2018-02-13 영 제81조 제1항 단서 개정으로 면세사업등 관련 국고·공공보조금은 면세공급가액에 넣는다 — 그 뒤에도 대가 없는 사업 자체에는 제4항 순서가 남는다. (세정일보 판세 기사(2차) → 원문은 국가법령정보센터 판례(law_id), 읽은 곳)
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  대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결 [부가가치세부과처분취소]
  
  【판시사항】
  [1] 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우, 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내는 방법 / 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 그 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있는지 여부(소극) 및 이 경우 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내는 방법
  [2] 국고보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하고 있는 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 규정의 의미
  [3] 철도 여객운송 사업을 영위하는 甲 공사가 구 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하고, 이에 따라 노인에 대한 철도운임 감면 등의 공익서비스를 제공하고 국토해양부장관으로부터 공익서비스 제공비용 보상액을 지급받은 후 부가가치세를 신고하였는데, 과세관청들이 甲 공사에 대하여 보상액은 甲 공사가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다고 보아 공통매입세액을 안분계산하여 이를 반영한 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위 보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하므로 이를 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다고 한 사례
  
  【판결요지】
  [1] 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.
  [2] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다.
  [3] 철도 여객운송 사업을 영위하는 甲 공사가 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하고, 이에 따라 노인에 대한 철도운임 감면 등의 공익서비스를 제공하고 국토해양부장관으로부터 공익서비스 제공비용 보상액(이하 ‘보상액’이라 한다)을 지급받은 후 부가가치세를 신고하였는데, 과세관청들이 甲 공사에 대하여 보상액은 甲 공사가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다고 보아 공통매입세액을 안분계산하여 이를 반영한 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 위 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 하고, 나아가 보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 甲 공사가 위 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이어서, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당하므로, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하여 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없는데도, 이와 달리 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.
  
  【참조조문】
  [1] 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조), 제4항(현행 제81조 제4항 참조) / [2] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호(현행 제29조 제5항 제4호 참조) / [3] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호(현행 제29조 제5항 제4호 참조), 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조)
  
  【참조판례】
  [1] 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결, 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결(공2016상, 625), 대법원 2016. 6. 23. 선고 2015두45731 판결 / [2] 대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결(공2001하, 2484)
  
  【판결 이유(원문)】
  【원고, 상고인】 한국철도공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 외 1인)
  【피고, 피상고인】 영등포세무서장 외 14인 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 남영찬 외 3인)
  【원심판결】 서울고법 2017. 6. 27. 선고 2017누35211 판결 
  【주 문】
   원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
  【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
   1. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).
   2. 가. 원심은 제1심판결을 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
   (1) 원고는 부가가치세법상 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등과 면세대상인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하고 있다.
   (2) 원고는 2008. 6. 26. 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 및 제33조에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’(이하 ‘이 사건 보상계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지 구 철도산업발전기본법 제3조 제11호, 제32조 제2항 및 이 사건 보상계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스, 즉 ① 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면(이하 ‘운임감면’이라고 한다), ② 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선의 운영(이하 ‘벽지노선 운영’이라고 한다), ③ 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영(이하 ‘특별동차 운영’이라고 하고, ‘운임감면’ 및 ‘벽지노선 운영’과 통틀어 ‘이 사건 공익서비스’라고 한다)을 제공하고, 국토해양부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.
   (3) 이후 원고는 이 사건 보상계약에 따라 국토해양부장관으로부터 2008년 공익서비스 제공비용 보상액으로 합계 266,168,000,000원(운임감면 92,354,000,000원, 벽지노선 운영 172,298,000,000원, 특별동차 운영 1,516,000,000원, 이하 ‘이 사건 공익서비스보상액’이라고 한다)을 지급받았다.
   (4) 원고는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서, 공통매입세액 716,522,000,000원을 앞서 본 부가가치세 과세대상 및 면세대상 사업의 총 공급가액에 대한 면세대상 사업의 공급가액 비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에서 공제하지 아니하였다.
   (5) 피고들은 2014. 1. 22. 원고에게, 이 사건 공익서비스보상액은 원고가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당하므로 공통매입세액을 안분계산하면서 이를 반영하여야 한다면서, 2008년 제2기분 부가가치세 합계 5,713,236,200원(가산세 포함)을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
   나. 원심은 이러한 사실을 토대로 하여, 원고가 제공한 이 사건 공익서비스는 비과세사업에 해당한다는 전제 아래, 그에 대한 대가로 지급된 이 사건 공익서비스보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 구 부가가치세법 제61조 제1항을 유추 적용하여 공통매입세액을 안분하여야 한다는 그 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
   3. 그러나 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.
   가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결 등 참조).
   나. 철도운영자인 원고는 영리목적의 영업활동과 관계없이 국가 또는 지방자치단체의 정책이나 공공목적 등을 위하여 철도서비스 중 하나인 이 사건 공익서비스를 철도이용자에게 제공하게 된다(구 철도산업발전기본법 제3조 제11호). 이러한 공익적 기능을 유지하기 위하여 당해 공익서비스를 직접 요구한 원인제공자가 공익서비스 제공으로 발생하는 비용을 부담하여야 하고, 그 구체적인 내용은 원인제공자와 철도운영자 사이의 공익서비스비용의 보상에 관한 계약에서 정해진다(구 철도산업발전기본법 제32조, 제33조).
   다. 이에 따라 이 사건 공익서비스의 제공 및 보상계약 등이 이루어진 것으로서, 원고가 제공하는 이 사건 공익서비스를 통하여 철도이용자는 원고의 철도차량을 감면된 운임대가만을 지급하고 이용하거나 벽지노선의 철도서비스에 대하여 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이를 계속 이용할 수 있게 되는 등의 사정에 비추어 보면, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 이 사건 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 한다. 나아가 이 사건 공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 이 사건 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이므로, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당한다. 그러므로 이 사건 공익서비스보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하다.
   라. 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로, 위 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다.
   4. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 공익서비스보상액을 독립한 비과세사업의 수입금액으로 보아 이루어진 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 공익서비스보상액의 성격에 관한 법리를 오해하여 과세사업과 비과세사업에 대한 공통매입세액의 안분계산 등에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다.
   5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
  대법관 박상옥(재판장) 김신 이기택 박정화(주심)
  
  출처: 국가법령정보센터 판례(DRF lawService target=prec ID=193334), https://www.law.go.kr/DRF/lawService.do?OC=test&target=prec&ID=193334&type=HTML

• 판례 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 과세사업과 비과세사업의 겸영(한국환경공단) — 국고보조금은 대가가 아니므로 다른 합리적 안분
  과세·비과세 겸영 사업자의 매입세액은 실지귀속으로 나누고, 공통매입세액은 면세사업 안분 규정을 유추적용하되, 비과세사업에 관하여 국가·지방자치단체로부터 받은 국고보조금 등이 용역 공급의 대가가 아니면 공급가액 비율 규정을 유추적용할 수 없고 다른 합리적인 방법으로 가린다(2017두55329 가 인용한 선례). (국가법령정보센터 판례(원문), 읽은 곳)
  원문 보기 (4,954자)

  대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 [부가가치세부과처분취소(과세사업과 비과세사업의 겸영 사건)]
  
  【판시사항】
  과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에서 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법 / 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국고보조금 등을 지급받는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는지 여부(소극) 및 이 경우 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법
  
  【판결요지】
  과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다. 다만 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방에게서 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다.
  
  【참조조문】
  구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항(현행 제39조 제1항 참조), 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조), 제4항(현행 제81조 제4항 참조)
  
  【참조판례】
  대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결
  
  【판결 이유(원문)】
  【원고, 피상고인】 한국환경공단 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 성수현 외 4인)
  【피고, 상고인】 마포세무서장 외 22인 (소송대리인 법무법인 세한 담당변호사 강남규 외 3인)
  【원심판결】 서울고법 2013. 8. 21. 선고 2012누5277 판결
  【주 문】
   원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
  【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 보충상고이유서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
   1. 원심은, ① 구 한국환경자원공사법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것)에 따라 폐비닐 재활용·처리·판매 등의 목적으로 설립된 공법인인 한국환경자원공사는 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중에 농경지에 방치된 폐비닐을 무상으로 수거한 후 지역별 사업소에서 선별한 다음, 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 가공 없이 직접 판매하고 그 외의 폐비닐은 자체적으로 재활용 처리를 하여 가공품 등을 생산·판매하며 자체 재활용 처리가 지연된 폐비닐은 외부업체에 위탁하여 처리하여 온 사실, ② 한편 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 한국환경자원공사의 재산과 권리·의무를 포괄승계한 사실(이하 ‘한국환경자원공사’와 ‘원고’를 통칭하여 ‘원고’라고 한다), ③ 그런데 피고들은 원고가 직접 판매하거나 자체 재활용 처리로 생산한 가공품 등을 판매한 것은 과세사업에 해당하지만 그 외에 외부업체에 위탁하여 처리한 것(자체 재활용 처리 후 외부 위탁처리한 부분을 포함한다)은 비과세사업에 해당한다는 이유로 ㉠ 외부 위탁처리와 관련된 매입세액과 ㉡ 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금(이하 ‘국고보조금 등’이라고 한다)을 비과세공급가액으로 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액을 과세사업의 공급가액과 국고보조금 등의 비율에 따라 안분하여 산정한 매입세액을 각각 불공제한 다음, 2010. 6. 1.부터 2010. 9. 5.까지 원고에게 각 부가가치세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.
   나아가 원심은, 원고가 수행한 폐비닐 수거·처리 용역은 원고의 폐비닐 판매사업에 불가분적으로 수반하여 발생하는 것에 불과하여 별도의 사업으로 보기 어렵고, 원고의 설립 근거가 된 법률이나 원고가 수행한 사업의 성격 등에 비추어 보더라도 원고는 전체적으로 보아 폐비닐을 재활용하는 단일한 과세사업을 수행하고 있을 뿐이며, 원고가 외부업체에 위탁처리 수수료를 지급하고 폐비닐을 처분하는 것은 시설 부족으로 인하여 수집한 폐비닐을 본래의 사업에 사용할 수 없게 되자 재고 관리 비용 등을 낮추기 위한 사업상 목적에 따른 것으로 볼 수 있으므로, 가공품 등의 생산 비용이나 위탁처리와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 이유로, 이와 달리 본 이 사건 각 처분은 위법하다고 판단하였다.
   2. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
   가. 한국환경자원공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 한국환경자원공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다.
   한편 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이다.
   나. 원고로부터 폐비닐이나 가공품을 구입하는 거래상대방은 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역과는 무관하게 폐비닐이나 가공품의 대가만을 지급하고 이를 구입할 뿐만 아니라 폐비닐이나 가공품의 생산이나 공급에 원고가 공익적인 목적에서 수행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 국가 및 지방자치단체로부터 직접적인 대가관계 없이 국고보조금 등을 교부받아 농업용 폐비닐의 수거·재활용 및 처리에 관한 업무를 수행하고 있으므로, 폐비닐이나 가공품이라는 재화의 공급 이외에 원고가 행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역은 그 스스로의 설립 목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 폐비닐이나 가공품의 공급이라는 과세사업 이외에 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역의 비과세사업을 그와 별개로 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다.
   한편 피고들이 불공제 대상으로 삼은 매입세액 중 위탁처리와 관련된 매입세액은 과세사업인 폐비닐이나 가공품의 판매와 관련된 것이 아니므로 이를 매출세액에서 공제할 수 없을 것이나, 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액은 그 실지귀속을 구분할 수 없고 원고가 지급받는 국고보조금 등은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수도 없으므로, 원심으로서는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 각 처분의 적법 여부를 판단하였어야 할 것이다.
   그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 처분이 전부 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 단일한 과세사업의 영위와 과세사업 및 비과세사업의 겸영과의 구별 방법, 한국환경자원공사가 영위하는 사업의 성격에 관한 법리를 오해하여 과세사업과 비과세사업에 대한 공통매입세액의 안분계산 등에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
   3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
  대법관 권순일(재판장) 박병대 박보영(주심) 김신
  
  출처: 국가법령정보센터 판례(DRF lawService target=prec ID=181694), https://www.law.go.kr/DRF/lawService.do?OC=test&target=prec&ID=181694&type=HTML

• 판례 대구고등법원 2016. 6. 10. 선고 2015누7426 (대법원 2016. 10. 13. 2016두43916 으로 확정) 비과세사업 겸업 사업자(정부출연 연구기관)의 공통매입세액을 수입금액 비율로 안분한 처분
  과세·비과세사업을 겸영하는 사업자의 공통매입세액을 안분할 때, 국가·지방자치단체에서 받은 국고보조금·단체보조금·출연금은 비과세사업 용역 공급의 대가가 아니므로 비과세 공급가액으로 보아 공급가액 비율 규정(구 영 제61조 제1항)을 유추적용할 수 없다(일부 국패). 대구 소재 과학기술분야 정부출연연구기관 사건. — 국세법령정보시스템에 실린 판결은 2심(대구고등법원)이고 대법원 2016두43916 은 이를 확정한 사건 번호다. (국세법령정보시스템 판례상세(원문, 앞 8,000자), 읽은 곳)
  원문 보기 (8,372자)

  대구고등법원 2016. 6. 10. 선고 2015누7426 판결 [부가가치세 경정처분 취소] — 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43916 으로 확정(국세법령정보시스템 판례 제목: '비과세 사업을 겸업하는 사업자의 공통매입세액을 수입금액비율로 안분계산한 처분이 적법한지 여부', 일부국패)
  
  부가
  비과세 사업을 겸업하는 사업자의 공통매입세액을 수입금액비율로 안분계산한 처분이 적법한지 여부
  일부국패
  대구고등법원-2015-누-7426
  귀속년도 :
  2007
  심급 :
  2심
  등록일자 :
  2016.07.07.
  생산일자 :
  2016.06.10.
  진행상태 :
  완료
  요지
  판결내용
  상세내용
  요지
  과세 및 비과세사업을 겸영하는 사업자의 공통매입세액을 안분하는 경우 국고보조금 수입을 비과세 공급가액으로 볼 수 없으므로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 유추적용할 수 없음
  판결내용
  판결 내용은 붙임과 같습니다.
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  사 건
  2015누7426 부가가치세 경정처분 취소
  원고, 항소인
  AAA
  피고, 피항소인
  OO세무서장
  제1심 판 결
  DD지방법원 2016. 6. 10. 선고 2014구합23590 판결
  변 론 종 결
  2016. 5. 13.
  판 결 선 고
  2016. 6. 10.
  주 문
  1. 제1심 판결을 취소한다.
  2. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 6.자 2007년 제1기분 101,032,820원, 2007년 제2기분 160,808,160원, 2008년 제1기분 76,552,370원, 2008년 제2기분 33,355,940원, 2009년 제1기분 83,916,290원, 2009년 제2기분 21,295,740원, 2010년 제1기분 29,570,060원, 2010년 제2기분 25,585,490원, 2011년 제1기분 57,526,210원의 각 부가가치세 부과처분 및 2012. 2. 3.자 2011년 제2기분(예정) 13,996,280원의 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.
  3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
  청구취지 및 항소취지
  주문과 같다.
  이 유
  1. 처분의 경위
  가. 원고는 섬유수출경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사·연구와 DD·CC 섬유산지의 생산·수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 1996. 8. 1.
  민법 제32조
  와 ‘지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의설립 및 감독에 관한 규칙’에 따라 설립된 법인이다.
  나. 원고는 부가가치세법상 비과세영역인 고유목적사업을 수행하다가 2002. 9. 18. 수익사업 개시신고를 하고 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(업태 : 서비스, 종목 : 수출주선·전시)을 마친 다음, DD 국제섬유박람회 사업(이하 ‘PID 사업’이라 한다)과 DD 섬유산업 국내판로 개척 사업(이하 'DMC 사업‘이라 하고 PID 사업과 통틀어 ’이 사건 사업‘이라 한다)을 시행하여 왔다.
  다. 원고는 이 사건 사업의 참여기업으로부터 받은 참가비, 부스임대료 등 수입금(이하 ‘이 사건 과세수입금액’이라 한다)에 대하여 매출세금계산서를 발행·교부하고, 이 사건 사업과 관련하여 DD시, CC도 등으로부터 지급받은 보조금 등(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)은 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호에 따라 과세표준에 포함시키지 않는 한편, 이를 재원으로 이 사건 사업에 관하여 비용을 지출하면서 수취한 세금계산서의 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 관련 매입세액으로 공제하여 아래 표 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 부가가치세 신고를 하였으며, 피고는 이에 따라 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 환급결정을 하였다.
  라. 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 원고의 사업수입은 이 사건 과세수입금액과 이 사건 보조금으로 이루어져 있는데, 그 내역은 아래 [표 1] 기재와 같고, 위 과세기간 동안 원고는 이 사건 매입세액 외 나머지 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 하여 아래 [표 2] 기재와 같이 매입세액을 신고하였다.
  마. 피고는 2011. 11. 18.부터 2011. 12. 16.까지 원고의 위 부가가치세 신고에 대하여 세무조사를 실시한 후, 이 사건 사업은 고유목적사업으로서 보조금으로 대부분 운영되어 부가가치세가 과세되지 않는 비과세사업에 해당하나, 매출세금계산서를 발행한 수익사업이 포함되어 있고, 이 사건 매입세액은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이므로, 구
  부가가치세법
  시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 그 중 이 사건 보조금에 상당한 부분을 공제받지 못할 매입세액으로 재계산하여야 한다고 보았다.
  바. 피고는 위 조사결과에 따라 아래 [표 1] 기재와 같이 불공제할 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 과세수입금액에 대한 매출세액에서 이 사건 매입세액 중 위 불공제할 매입세액을 제외한 나머지 매입세액을 공제하여, 2012. 2. 3. 및 2012. 2. 6. 원고에게 아래 [표 2] 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지의 부가가치세를 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
  사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 4. 30. DD지방국세청에 이의신청을 하였으나 2012. 5. 16. 기각되었고, 2012. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,2014. 10. 2. 기각되었다.
  [인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 갑 제14, 15호증의 각 기재, 을 제1 내지 3, 7호증(각
  가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지
  2. 이 사건 처분의 적법 여부
  가. 원고의 주장
  1) 이 사건 사업은 고유목적사업과 달리 원고가 지역 섬유업체를 해외바이어나 동대문시장의 상인 등과 연결시켜주는 중간상인 역할을 담당함으로써 수익을 창출하기 위한 것이고, 그 대상이 이 사건 사업에 참가신청을 한 기업에 국한되어 있으며, 일부 국고보조금으로 운영되었으나 점차 그 비율을 줄여가고 있고 원칙적으로 참가자가 부담한 돈을 사업의 재원으로 하는 하나의 부가가치세 과세사업에 해당한다. 단일한 사업을 과세사업과 비과세사업으로 나누어서 매입세액을 공제할 수는 없다.
  이 사건 보조금은 구
  부가가치세법 제13조 제2항 제4호
  에 의하여 과세표준에서 제외될 뿐이고, 원고가 이 사건 보조금을 지원받는다고 하여 과세사업이 비과세사업으로 될 수 없으며, 이 사건 사업이 비과세사업이 아닌 이상 이 사건 매입세액은 모두 매출세액에서 공제되어야 한다. 이 사건 보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외된다는 이유만으로 관련 매입세액을 불공제할 수는 없다.
  2) 원고가 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있다고 보더라도, 이 사건 보조금은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 비과세사업의 공급가액으로 볼 수 없음에도, 피고가 구
  부가가치세법 시행령 제61조 제1항
  을 유추적용하여 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 이 사건 보조금을 비과세사업의 공급가액에 포함시킨 것은 위법하다.
  3) 이 사건 보조금에는 ‘디자인 패션산업육성’, ‘뉴욕 한국섬유전 개최지원 보조금’ 등 이 사건 사업과 관련이 없는 보조금이 다수 포함되어 있는바, 그럼에도 피고가 이 사건 보조금 전액을 기초로 공통매입세액을 안분계산한 것은 위법하다.
  4) 원고가 부당한 의도를 가지고 세법을 자의적으로 해석하여 매입세액을 공제받은 것이 아닌 점, 피고가 원고의 매입세액신고에 대하여 별다른 이의 없이 수년 동안부가가치세를 환급하여 온 점, 과세관청이 이 사건과 관련된 세법 해석에 대하여 확실한 견해를 가지지 못하였고, 관련 행정소송에서 수차례 패소한 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 부가가치세 신고·납부의무를 불이행한 것에 대한 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
  나. 관계 법령
  별지 관계 법령 기재와 같다.
  다. 인정사실
  앞서 든 각 증거와 갑 제16 내지 18호증, 을 제4, 5호증, 을 제8 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
  1) 원고가 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 마친 이래 원고의 정관 중 수행사업 및 재원 등에 관한 주요 내용은 아래와 같다.
  2) PID사업은 DD시, CC도, 한국섬유산업연합회가 주최하고, 원고가 주관하며, 산업통상자원부, 관세청, DD상공회의소 등의 후원으로 시행되었다. PID사업은 지역 섬유산업의 활성화를 목적으로 지역의 섬유업체로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 국내외 바이어·기타 참관객 등을 대상으로 한 마케팅 기회를 제공하고, 설명회, 패션쇼 등을 통해 상호간에 최신 섬유소재, 섬유 트렌드에 대한 정보공유를 가능하게 하는 박람회 사업이고, DMC사업은 DD에 소재하는 섬유생산업체들로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 신제품 개발 및 기획, 내수시장 등에 대한 정보를 제공하고, 서울에 소재하는 브랜드 업체 및 동대문시장상인 등과 연결해줌으로써 지역 섬유생산업체들의 거래선 개척 및 경쟁력 강화를 꾀하는 사업이다.
  3) 원고는 PID사업과 관련하여 보조금의 사용내역을 전시장 사용료, 전시장 조성비, 전시장 운영비, 행사 진행비, 홍보비, 전시업체 유지 및 지도 지원비, 바이어 유치 및 지원비, 일반 운영비(도서 인쇄비, 인건비, 여비 등) 등으로 나누어 소요되는 경비를 계산한 다음 DD시 및 CC도에 보조금의 지급을 신청하였고, DMC 사업과 관련하여 보조금의 사용내역을 인건비, 직접비(전시활동비, 홈페이지 운영, 판촉지원, 정보지원, 인적네크워크 구축지원, 홍보비), 간접비(교통비, 위원회 운영, 잡비)로 나누어 소요되는 경비를 산정한 다음 DD시 및 CC도에 보조금의 지급을 신청하였으며, DD시와 CC도는 구 무역거래기반 조성에 관한 법률(2008. 3. 21. 법률 제8935호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2항, 제5조 제2항, 구 지방재정법(2011. 3. 8. 법률 제10439호로 개정되기 전의 것) 제17조, 같은 법 시행령(2011. 9. 6. 대통령령 제23121호로 개정되기 전의 것) 제29조, 구 DD시 보조금관리 조례(2014. 12. 22. 조례 제4643호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제6조, 구 CC도 보조금관리 조례(2014. 12. 29. 조례 제3588호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제6조에 의하여 원고에게 각 보조금을 지급하였다.
  라. 판단
  1) 이 사건 사업이 단일한 과세사업에 해당한다는 주장에 대하여
  위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사업은 단일한 부가가치세 과세사업에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
  가) 원고는 기본적으로 공익적 목적에서 섬유수출경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사·연구와 DD·CC도 섬유산지의 생산·수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 등 비과세사업을 영위하기 위하여 설립된 비영리법인이다.
  나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업은 ① 지역 섬유산업의 활성화를 위하여 지역의 섬유업체로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 국내외 바이어·기타 참관객 등을 대상으로 한 마케팅 기회를 제공하고, 설명회, 패션쇼 등을 통해 상호간에 최신 섬유소재, 섬유 트렌드에 대한 정보공유를 가능하게 하거나, ② DD에 소재하는 섬유생산업체들로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 신제품 개발 및 기획, 내수시장 등에 대한 정보를 제공하고, 서울에 소재하는 브랜드 업체 및 동대문시장상인 등과 연결해줌으로써 지역 섬유생산업체들의 거래선 개척 및 경쟁력 강화를 꾀하는 사업인바, 이는 원고의 정관 제4조에서 정한 고유목적사업인 ‘해외시장개척과 수요창출에 관한 사업’, ‘DD섬유의 국내외 홍보·선전에 관한 사업’, ‘기타 섬유산업진흥을 위하여 필요한 사업’에 해당한다.
  다) 이 사건 사업의 사업비 중 대부분이 DD시, CC도로부터 지급받는 보조금으로 조달되고 있고, 원고는 이 사건 사업의 참여기업을 제외한 일반관람객, 박람회에 참관한 다른 섬유업체, 국내외 바이어들로부터는 별도로 입장료를 받지 않고 있으며, 특히 국내외 바이어 등에게는 박람회에 참석할 수 있도록 숙박과 교통 용역을 무상으로 제공하기도 한다.
  라) 원고와 같이 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행과정에서 참여기업으로부터 참가비, 부스임대료와 같은 수입금을 지급받는 등으로 일부 과세사업을 영위하였다고 하여[더욱이 위 과세사업은 원고가 이 사건 사업을 시행함에 있어 자체 수익사업 없이 사업비 전액을 국고보조금으로 충당하겠다고 예산을 신청하는 경우 DD시 등이 예산을 삭감하는 조치를 취함에 따라 실시하게 된 것으로 보인다(을 제3호증의 1 제4쪽)] 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 것으로 허용될 수 없다.
  마) 위와 같은 원고의 설립 목적과 정관 규정, 이 사건 사업의 성격과 내용, 사업비의 조달 방식 등에 비추어 보면, 원고는 오히려 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하였다고 봄이 타당하다.
  2) 피고의 공통매입세액 안분계산 방법이 위법하다는 주장에 대하여
  가) 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한
  부가가치세법 시행령
  규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다. 다만 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방에게서 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구
  부가가치세법 시행령 제61조 제1항
  을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구
  부가가치세법 시행령 제61조 제4항
  각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).
  나) 원고가 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있음은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 매입세액은 과세사업뿐만 아니라 비과세사업인 원고의 고유목적사업에도 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없다. 그리고 ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 보조금은 구
  무역거래기반 조성에 관한 법률
  등 관련 법령과 DD시 및 CC도의 각 보조금관리 조례에 따라 교부되는 점, ② 이 사건 사업은 DD시 세출예산사업명세서(갑 제17호증)상 민간이 행하는 사업에 대하여 지방자치단체가 이를 권장하기 위하여 교부하는 경비인 민간경상사업보조 항목으로 편성되어 있는 점, ③ 이 사건 보조금은 원고가 이 사건 사업을 수행함에 따라 사후적으로 발생하는 매출액이 아니라 사업 수행에 앞서 미리 지급되는 돈인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 보조금을 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수는 없다[이에 대하여 피고는 이 사건 보조금은 이 사건 사업 외의 다른 용도로 사용할 수 없으며, 이 사건 사업을 종료한 후 원고가 사업에 관한 실적보고서와 보조금 사용내역에 관한 사업비 정산서 등을 제출하고 집행 잔액을 반납하도록 되어 있으므로, 이 사건 보조금은 이 사건 사업에 대한 직접적인 대가에 해당한다는 취지로 주장하나, 위와 같이 보조금의 용도를 제한하고 사업 종료 후 실적보고서 제출 등을 요구하는 것은 보조사업에 수반되는 통상의 관리 또는 감독의 일환에 불과하므로, 피고의 위 주장사유만으로는 이 사건 보조금이 이 사건 사업의 대
  
  (국세법령정보시스템 본문 9,739자 가운데 앞 8,000자 — 러너 site_probe 가 읽은 범위. 나머지는 원문 쪽 'PDF로 보기')
  출처: 국세법령정보시스템 판례상세 ntstDcmId=000000000000224618, https://taxlaw.nts.go.kr/pd/USEPDA002P.do?ntstDcmId=000000000000224618

• 심판례 조세심판원 2014. 10. 22. 조심2014서3012 청사 관리비의 안분 — 면적으로 귀속을 가를 수 있으면 실지귀속
  건물 위탁관리 용역비·건물 유지관리비처럼 사용면적에 따라 청구되는 비용은 실지귀속을 구분할 수 있으므로 면적 기준으로 안분하고, 별도 계량기가 없는 가스·전기요금은 실지귀속을 구분하기 어려워 공급가액 비율로 안분한다. 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 않으면 과세사업과 무관한 매입세액까지 공제돼 불합리하므로 면세공급가액에 정부출연금을 포함하는 것이 타당하다. — 본청 공통을 줄이는 첫 수단이 '면적·계량 분리'라는 근거. 출연금 포함 부분은 2018 개정 단서(면세사업등 관련 보조금)와 같은 방향. (CaseNote(2차) → 원문은 조세심판원 결정례(tt), 읽은 곳)
  원문 보기 (4,933자)

  [사건번호] 조심2014서3012 (2014.10.22) 
   [세     목] 부가 [결정유형] 경정 
   ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
   [제     목] 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액은 정부출연금을 제외한 금액이라는 청구주장의 당부 등 
   [결정요지] 공통매입세액을 안분계산함에 있어 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어 불합리한바 면세공급가액에 정부출연금을 포함함이 타당하나, 건물위탁관리용역비, 기타 건물유지관리비는 실지귀속되는 면적을 기준으로 안분계산함이 타당함 
   [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 시행령제61조 제1항 
   [참조결정] 국심2004전2092 
   [따른결정] 
   ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
   [주    문] 
   OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2013년 제2기 부가가치세 OOO의 환급 처분은 청구법인이 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 지출한 건물위탁관리용역비 공급가액 OOO, 기타 건물유지관리비 공급가액 OOO에 대하여 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보아 면적을 기준으로 안분계산한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정한다. 
   [이    유] 
   1. 처분개요 
   가. 청구법인은 국가로부터 정부출연금을 지원받아 국책사업(정보통신산업 기반조성사업, IT기업의 창업·성장 지원 등)을 수행하면서 부동산 임대업을 수익사업으로 함께 영위하고 있는 비영리법인으로, 국책사업과 관련된 매입세액은 불공제하고, 청사관리비용(전기료, 냉·난방비, 청소관리비 등)에 대하여 건물 사용면적에 따라 공통매입세액으로 안분계산하여 2013년 제2기 부가가치세 신고시 OOO을 환급신청하였다. 
    나. 처분청은 OOO 고유목적사업의 재원인 정부출연금은 과세사업과 관련없다 하여 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 포함한뒤 공급가액비율로 안분계산하여 OOO을 환급결정하였다. 
    다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다. 
   2. 청구법인 주장 및 처 분청 의견 
   가. 청구법인 주장 
      2013년 제2기 부가가치세 신고분의 관리비는 면적에 따라 청구되고있으므로 해당 매입세액은 공통매입세액이 아닌 과세/면적에 따른 직접 매입세액이며, 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액비율로 안분하면 출연금 등 면세공급가액이 대부분(98% 이상)이어서 실제 임대사업에 사용되는 면적비율(67% 이상)에 비해 매입세액불공제세액이 과다하게 계산되는 불합리한 결과가 발생하고, 관리비는 면적에 따라 정액으로 청구되는데 반해 이에 대한 매입세액은 출연금 등의 면세공급가액 비율에 따라 불공제되는 매입세액이 변동되는 결과가 되므로 면적에 따라 청구되는 관리비는 공통매입세액이 아닌 직접 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여 공제하는 것이 타당하다. 
    나. 처분청 의견 
      청구법인이 당초 공통매입으로 신고하였던 도시가스요금이나 전기요금 등은 면적이 아닌 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 청구법인 명의로 매입을 받고 임차인들에게 3.3㎡당 OOO을 월관리비로 받고 있으므로 이를 과세사업과 관련된 직접 매입으로 볼 수 없으며, 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다. 
   3. 심리 및 판단 
    가. 쟁점 
      청구법인의 청사관리비용에 대해 사용면적에 따라 구분가능한 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부 
    나 . 관련 법령 : <별지> 기재 
    다. 사실관계 및 판단 
     (1) 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 공통매입세액 안분계산내역은 아래 표<1>, 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. 
   <표1> 공통매입세액 안분계산 내역 
   <표2> 부가가치세 신고내역 
     (2) 처분청은 OOO 2013년 제2기 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 면세비율을 공급가액 비율로 안분하여 과다 매입세액 OOO을 추가로 불공제하고, 과소신고가산세 OOO을 경정하여 환급세액을 OOO으로 결정하였는바, 공통매입세액 안분계산 내역은 아래 <표3>과 같다. 
   <표3> 공통매입세액 안분계산 내역 
     (3) 청구법인이 제시한 공통매입 내역 및 임대면적 비율은 아래 <표4>와 같다. 
   <표4> 공통매입 내역 및 임대면적 비율 
     (4) 청구법인이 제시한 임대차 변경 계약서OOO를 보면, 주식회사 OOO 3층(계약면적 578.51㎡)를 월임대료 OOO, 월관리비(부가가치세 포함) OOO에 임대한 것으로 나타난다. 
     (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다는 의견이나, 
        「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 비영리공공법인 소유건물을 고유목적사업과 부동산임대사업에 사용하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 면적에 따라 계산되는 관리비 등 실지귀속이 분명한 매입세액은 사용면적에 따라 안분계산하는 것이 타당한바(조심2004전2092, 2004.11.3., 같은 뜻임), 이 건의 경우 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분하는 경우 정부출연금 등 면세공급가액이 대부분(98% 이상)이어서 실지 임대사업에 사용되는 면적비율(32%)에 비해 부가가치세 매입세액 불공제세액이 과다하게 산정되는 점, 청구법인은 월관리비를 부가가치세를 포함하여 평당 계산하여 수령하는 점 등에 비추어 상기 <표4> 공통매입 내역 및 임대면적 비율의 공통매입가액 중 건물위탁관리용역비 및 기타 건물유지관리비의 경우에는 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보이므로 사용면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 
        다만, 당초 공통매입으로 신고하였던 가스요금 및 전기요금의 경우에는 원칙적으로 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 월관리비에 포함하여 임차인들로부터 수령하는 등 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보기 어려우므로 공급가액 비율로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 
        따라서, 처분청은 건물위탁관리용역비, 기타 건물유지관리비에 대하여 실지귀속에 따라 면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 
   4. 결 론 
     이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 
   <별지> 관련 법령 
     (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 
       제40조 [공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 
     (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 
       제81조 [공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 
   면세사업등에 관련된 매입세액 
   = 
   공통매입세액 
   × 
   면세공급가액 
   총공급가액 
   ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 
    1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 
   2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 
    3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
  
  출처: 조세심판원 결정례 조심2014서3012(결정문 보기 xmlViewer.do?dem_no=134212), https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchDemList.do 에서 사건번호 검색

• 질의회신 부가가치세과-841 (2013. 9. 17.) 지방자치단체의 과·면세 구분 및 매입세액공제
  지방자치단체가 공급하는 재화·용역의 과세·면세는 법 제26조 제1항 제19호와 영 제46조로 판단한다(비영리 전시관·사진 판매 면세, 임대사업장·물썰매장(기타 스포츠시설 운영업) 과세). 과·면세를 겸영하면 공통매입세액은 법 제40조·영 제81조로 안분하고, 건물 신축분은 부가가치세과-768(2013. 8. 28.)을 따른다. 공원 안 도로·주차장·구축물이 과세사업에 쓰이는지는 용도 등 사실관계로 판단한다. 고유번호로 받은 세금계산서의 매입세액은 공제하지 않는다(부가가치세과-320, 2010. 3. 18.). (U-LEX(2차 게재, 원문 전재), 읽은 곳)
  원문 보기 (5,138자)

  【답변사항】 
   지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 과세와 면세 여부는 「부가가치세법」 제26조 제1항제19호 및 같은 법 시행령 제46조 각호의 규정에 의하는 것이며, 공통매입세액의 안분계산방법에 대해서는 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따르는 것임
   【답변요지】 
   1. 지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 과세와 면세 여부는 「부가가치세법」 제26조 제1항제19호 및 같은 법 시행령 제46조 각호의 규정에 의하는 것으로, 귀 질의의 경우 영리를 목적으로 하지 않는 전시관과 사진을 촬영하여 판매하는 수입은 면세대상이나, 임대사업장과 기타 스포츠시설운영업에 해당되는 물썰매장은 과세대상에 해당하는 것입니다.
  2. 면세와 과세를 겸영하는 경우의 공통매입세액의 안분계산방법에 대해서는 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따르는 것이며, 건물신축에 따른 공통매입세액의 안분계산은 기존 해석사례(부가가치세과-768, 2013.08.28)를 참고하시기 바랍니다. 또한 귀 질의의 공원 내의 도로, 주차장, 구축물 등이 과세사업에 사용되는지는 용도 등에 따라 사실관계를 종합하여 판단할 사항입니다.
  3. 귀 질의의 고유번호로 발급받은 매입세금계산서에 대해서는 기존 해석사례(부가가치세과-320, 2010.03.18)를 보내드리니 이를 참조하시기 바랍니다.
   본문전체 
   【관련법령】 
   부가가치세법 제26조 【재화또는용역의공급에대한면세】
   【이유】 
   1. 사실관계
  가. 지방자치단체인 ☆☆시가 투자하여 조성한 이사부사자공원, 레일바이크관광지 등을 운영하고 있음
  나. 이사부사자공원의 경우 입장료는 무료이나, 임대사업장, 전시관, 직영커피숍이 있음
  (1) 임대사업장은 유리공예품 제조ㆍ판매자에게 유상계약 후 무상임대로 전환, 전시관과 커피숍은 직영으로 운영
  (2) 놀이시설은 야외에 물썰매장이 있으며 이용요금을 받고 있음
  (3) 기타 시설물은 도로, 주차장, 구축물 및 조경시설로 이루어져 있음
  다. 레일바이크관광지의 경우 직영으로 운영하고 있음
  (1) 입장료수입이 있으며, 레일바이크관광객을 위해 특정지역에서 사진을 촬영하여 판매하고 있음
  (2) 식품, 토산품 등의 판매장을 임대하고 있음
  라. 진폐복지회관내 유료수영장과 무료도서관을 운영하고 있음
  (1) 건물 신축시에는 무상으로 관리권을 대한석탄공사도계광업소노동조합 등에 주려고 지역개발사업단의 고유번호로 신축하였으나 이후 삼척시에서 직영하는 것으로 변경됨
  (2) 2012.12.24. 준공되어 건물은 삼척시로 되어 있음
  (3) 2013.6월 지역개발사업단의 고유번호증을 과세사업으로 사업자등록을 전환함
  2. 질의내용
  ○ 위 각 사업과 관련하여 과세사업과 면세사업의 구분, 매입세액 안분계산 및 매입세액공제 여부
  3. 기존 해석사례 및 관련법령
  ○ 부가가치세과-768, 2013.08.28.
  사업자가 면세사업과 과세사업인 부동산임대업 등에 사용하기 위한 건물을 신축함에 있어 과세사업과 면세사업, 과세ㆍ면세 공통사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 해당 건물의 신축에 관련된 매입세액은 「부가가치세법시행령」 제81조 제4항제3호에 따라 총예정사용면적(각각의 사업에 공통으로 사용되는 공유면적은 제외함)에 대한 과세사업, 면세사업 또는 과세ㆍ면세 공통사업에 관련된 예정사용면적비율로 안분계산하여 매입세액을 구분한 다음, ①과세사업에 관련된 매입세액은 공제하고 ②면세사업에 관련된 매입세액은 불공제하는 것이며 ③과세ㆍ면세 공통사업에 관련된 매입세액은 같은 법 시행령 제81조제4항제2호에 따라 총예정공급가액에 대한 과세사업 또는 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 과세사업에 관련된 매입세액은 공제하고, 면세사업에 관련된 매입세액은 불공제하는 것입니다.
  ○ 부가가치세과-320, 2010.03.18.
  비영리법인이 수익사업 관련 재화를 공급받으면서 사업자등록번호가 아닌 비영리법인의 고유번호로 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 공제되지 아니하는 것입니다.
  ○ 부가가치세법 제14조 「부수재화및부수용역의공급」
  ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.
  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역
  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역
  ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.
  1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역
  2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화
  ○ 부가가치세법 제26조 「재화또는용역의공급에대한면세」
  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
  16. 예술창작품, 예술행사, 문화행사 또는 아마추어 운동경기로서 대통령령으로 정하는 것
  17. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원, 식물원, 그 밖에 대통령령으로 정하는 곳에 입장하게 하는 것
  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
  ○ 부가가치세법 시행령 제44조「면세하는입장장소의범위」
  법 제26조제1항제17호에 따른 대통령령으로 정하는 곳 이란 다음 각 호의 장소를 말한다.
  1. 민속문화자원을 소개하는 장소
  2. 「전쟁기념사업회법」 에 따른 전쟁기념관
  ○ 부가가치세법 시행령 제46조「국가,지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역으로서면세하는것의범위」
  법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
  1. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조 제1항에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
  2. 「철도건설법」 에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
  3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업・숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
  가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조 에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조 에 따른 군무원, 그 밖에 이들의 직계존속・비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 재화 또는 용역
  나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역
  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역
  가. 제35조제1호 단서에 따른 진료용역
  나. 제35조제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역
  ○ 부가가치세법 제39조 「공제하지아니하는매입세액」
  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
  7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
  ○ 부가가치세법 제40조 「공통매입세액의안분」
  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
  ○ 부가가치세법 시행령 제81조「공통매입세액안분계산」
  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
  면세 등에 관련된 매입세액 =
  공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액
  ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
  1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
  2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
  3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
  ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
  ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
  ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
   확인
  
  출처: U-LEX 법률우주(2차 게재, 국세청 질의회신 원문), https://ulex.co.kr/tax/%EB%B6%80%EA%B0%80%EA%B0%80%EC%B9%98%EC%84%B8%EA%B3%BC841-181000?sub_select_type=

• 질의회신 서면-2017-부가-1499 (부가가치세과-1857, 2017. 7. 30.) 공통매입세액 안분 단위
  공통매입세액 안분계산은 사업단위별로 세분할 수 있으면 사업단위별로 구분하여 과세기간 단위로 계산한다(부가가치세과-1268 2011. 10. 13., 기획재정부 부가가치세제과-411 2010. 6. 24. 같은 취지). — 시설 공통과 본청·행정 공통을 따로 묶어 안분하는 근거. (U-LEX(2차 게재, 원문 전재), 읽은 곳)
  원문 보기 (2,923자)

  【답변사항】 
   「부가가치세법 시행령」 제81조 공통매입세액 안분계산은 사업단위별로 세분이 가능한 경우에는 사업단위별로 구분하여 과세기간 단위로 계산하는 것임
   【답변요지】 
   귀 서면질의의 경우 기존해석사례(부가가치세과-1268, 2011.10.13)를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.
  ○ 부가가치세과-1268, 2011.10.13
  사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 안분계산하는 것임.
   본문전체 
   【관련법령】 
   부가가치세법 제40조 【공통매입세액의안분】
   【이유】 
   1. 사실관계
  ○ 당사는 전국에 별도의 물류센터와 여러 개의 단체급식 사업장을 운영중이며 각각 사업자등록을 하고 본사에서 총괄납부함
  - 물류센터는 협력업체에서 식자재를 일괄 구입, 제3자에 판매하거나 각 단체급식 사업장에 내부 이동하여 급식 원재료로 사용 중임
  - 협력업체에서 구입한 식자재 중 일부는 산지 및 매출처와의 접근성, 물류센터 보관 공간의 협소 등의 이유로 외부 창고업체에서 위탁보관하고 있으며 외부창고는 위탁보관을 하는 장소이므로 별도의 사업자등록 없이 물류센터의 사업자번호를 사용하고 있음
  - 외부창고에서 보관한 식자재는 제3자에게 직접 판매하고 있으며 관련과세표준 및 매출세액은 물류센터 사업자로 부가세 신고 납부
  - 외부창고 식자재를 제3자에게 판매시 제3자가 자기 비용으로 창고에서 상품을 직접 수령하고 당사는 창고 위탁보관비용만 지급하고 있으며 재고 품목이 대다수 면세 품목이어서 당사가 부담하는 위탁보관비용 매입세액은 불공제 처리
  - 부가세 신고시 물류센터 관련하여 발생한 과ㆍ면세 사업에 공통으로사용되어 실지 귀속을 구분 할 수 없는 매입세액(물류비, 용역비, 자산, 지급수수료 등 물류센터 운영에 관련된 일체 비용)은 당해 물류센터에서 제3자 또는 각 단체급식 사업장에 공급ㆍ반출한 원재료의 가액(매입원가)을 기준으로 하여 그 공통매입세액을 먼저 구분하고(1차 안분) 구분된 공통매입세액을 물류센터 또는 각 단체급식 사업장의과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산(2차 안분)하고 있음
  - 매입원가 기준으로 1차 안분시 외부창고에서 반출한 원재료 가액은 제외하여 계산하나 제3자에 판매한 공급가액 과ㆍ면세 비율로 2차안분시 사업자등록번호 기준으로 물류센터의 공급가액뿐만 아니라 외부창고의 공급가액까지 가산한 전체 공급가액 금액으로 안분계산하고 있음
  2. 질의내용
  ○ 당사는 과ㆍ면세 겸영 사업자로서 물류센터의 공통매입세액 안분계산시 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율을 계산하는 방법
  (갑설) 매입세액의 실질 귀속 사업단위별 공급가액 기준으로 과ㆍ면세비율을 계산함
  (을설) 매입세액의 과세주체(사업자등록번호)단위별 공급가액 기준으로과ㆍ면세 비율을 계산함
  3. 관련법령
  ○부가가치세법 제40조「공통매입세액의안분」
  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
  ○부가가치세법 시행령 제81조「공통매입세액안분계산」
  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17>
  ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
  ○부가가치세과-1268, 2011.10.13
  사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 안분계산하는 것임.
  ○기획재정부 부가가치세제과-411, 2010.06.24
   「부가가치세법 시행령」 제61조 공통매입세액 안분계산은 사업단위별 과세기간 단위로 계산하는 것이며, 같은 조 제3항에 따라 공통매입세액 안분계산을 생략할 수 있는지 여부도 같은 기준을 적용하는 것입니다.
   확인
  
  출처: U-LEX 법률우주(2차 게재, 국세청 질의회신 원문), https://www.ulex.co.kr/tax/%EC%84%9C%EB%A9%B42017%EB%B6%80%EA%B0%801499-175583?sub_select_type=

• 집행기준 부가가치세법 집행기준 40-81-4 (40-81-1 ~ 40-82-2 함께 발췌) 공통매입세액 안분계산 용어 — 과세사업·면세사업등 공급가액, 실지귀속·안분 순서·생략·정산
  과세사업 공급가액은 공급시기가 도래한 재화·용역 공급의 과세표준(영세율 포함) 합계, 면세사업등 공급가액은 해당 과세기간(공급시기 준용) 안에 부가가치세가 과세되지 않는 소득세법·법인세법상 수입금액과 비과세사업 수입금액의 합계(40-81-4 ①②). 발생 건별·금액으로 세분해 실지귀속이 가려지면 전액 공제·불공제(40-81-2). 어느 한쪽 공급가액이 없으면 매입가액 → 예정공급가액 → 예정사용면적 비율 순서, 건물 신축·취득으로 예정면적을 가를 수 있으면 면적 우선(40-81-5 ②). 안분·생략은 사업(현장)단위별·과세기간 단위별로 적용(⑦). 예정신고 때 안분한 것은 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산(40-82-1). — 2차 자료에 있던 '외화환산이익·지분법평가이익 제외' 문구는 2024-10-31 판 원문에 없어 뺐다. (국세청 「부가가치세 집행기준」 2024-10-31 판(국세법령정보시스템 세법집행기준 책자 PDF 112~118쪽), 읽은 곳)
  원문 보기 (6,983자)

  국세청 「부가가치세 집행기준」(국세법령정보시스템 세법집행기준 책자 PDF, 게시 2024-10-31) 중 집행기준 40-81-1 ~ 41-83-1 앞까지 발췌 (PDF 179쪽 가운데 112~118쪽, 글자는 pdftotext 로 풀어 줄바꿈·표 배치가 원본과 다를 수 있음)
  
  40-81-1 공통매입세액 안분계산
  
  공통매입세액의 안분계산이란 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업
  등에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 과세사업에 관련된 매입세액과
  면세사업등에 관련된 매입세액으로 안분계산하는 일련의 과정을 말한다.
  
  집행기준 40-81-2 실지귀속의 원칙
  
  사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 발생된 매입세액이더라도 발생된 모든 매입세액이
  안분계산대상이 되는 것이 아니라 그 발생 건별, 금액으로 세분하여 과세사업에 실지귀속되면
  자기의 매출세액에서 전액 공제하고, 면세사업에 실지귀속되면 면세사업 관련 매입세액으로 전액
  불공제한다.
  
   집행기준 40-81-3 공통매입세액 안분계산의 요건
  
  공통매입세액의 안분계산규정을 적용하여야 할 사업자는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.
  1. 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자일 것
  2. 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되거나 사용될 것
  3. 실지귀속이 불분명한 매입세액일 것
  4. 불공제대상 매입세액이 아닐 것
  
  집행기준 40-81-4 공통매입세액 안분계산에 따른 용어 정의
  
  ① 과세사업에 대한 공급가액
  과세사업에 대한 공급가액이란 공급시기가 도래된 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세
  과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말한다.
  
  ② 면세사업 등에 대한 공급가액
  면세사업 등에 대한 공급가액이란 해당 과세기간(｢부가가치세법｣ 제15조 및 제16조의 규정에
  따른 공급시기 준용) 내에 부가가치세가 과세되지 아니하는 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣의
  규정에 따른 수입금액과 비과세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말한다.
  
  ③ 공통매입세액
  공통매입세액이란 매입세액의 공제대상이 되는 세금계산서상의 매입세액으로 그 실지귀속이
  과세사업 또는 면세사업등에 사용･소비될 것인지가 불분명한 경우의 매입세액을 말한다. 즉
  과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되거나 사용될 예정인 매입세액, 장래의 실지귀속이
  불분명한 경우의 매입세액을 말한다.
  
  ④ 예정
  예정이란 사업자가 각 과세기간의 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 공통매입세액과 관련된
  공급가액 또는 사용면적이 실제로 확정될 과세기간에 과세･면세사업등으로부터 발생이 예상
  되거나 과세･면세사업으로 사용이 예상되는 것을 말한다.
  
  ⑤ 예정공급가액
  과세사업과 면세사업등에 대한 예정공급가액이란 과거의 사업실적, 현황, 사업계획서 등에 따라
  합리적으로 추정한 금액을 말한다.
  
  ⑥ 총예정사용면적
  총예정사용면적이란 공통매입세액과 관련하여 과세사업과 면세사업등에 사용예정인 총면적을
  말하며, 면세예정사용면적은 그 중 면세사업에 사용예정인 면적을 말한다.
  
   집행기준 40-81-5 공통매입세액 안분계산 방법
  
  ① 각 신고기간별로 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 확인할 수 없는 공통
  매입세액은 다음 산식과 같이 공급가액비율로 안분계산한다.
  
  면세공급가액
  불공제 매입세액 = 공통매입세액 ×
  총공급가액
  
  ② 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등에 대한 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급
  가액이 없는 경우에는 다음 각 호의 순서에 따라 안분계산한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여
  과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 우선 적용한다.
  1. 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
  
  ③ 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할
  수 있는 경우에 예정사용면적비율로 안분 계산을 하였을 때는 그 후 과세사업과 면세사업등의
  공급가액이 모두 있게 되어 총공급가액비율에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도
  과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 예정사용면적비율을 적용
  하고 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 따라 공통매입
  세액을 정산한다.
  
  ④ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용될 건물을 신축하면서 공통매입세액을 공급가액의
  비율에 따라 안분계산하였으나, 해당 과세기간 중에 계약의 해제 및 반품 등으로 인하여 과세
  사업 또는 면세사업등의 공급가액이 음수인 경우에는 과세사업 또는 면세사업등의 공급가액이
  없는 것으로 보아 제2항에 따라 공통매입세액을 안분계산한다.
  
  ⑤ 납세자의 계산 편의, 안분계산의 경제성 등을 위하여 다음에 해당하는 경우에는 공통매입세액의
  안분계산을 생략하고 전액 공제되는 매입세액으로 한다.
  1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만이고(면세예정사용면적비율이
  100분의 5 미만인 경우 제외), 공통매입세액이 5백만원 미만인 경우
  2. 해당 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우
  3. 신규사업자가 해당 과세기간에 구입한 재화를 양도하는 경우 그 재화에 대한 매입세액
  
  ⑥ 사업자단위과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우
  공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 계산한 후 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여
  신고･납부한다.
  
  ⑦ 공통매입세액 안분계산 및 안분계산 생략 방법은 사업(현장)단위별 과세기간 단위별로 적용한다.
  
  집행기준 40-81-6 과세･면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산 방법
  
  매입세액의 계산은 먼저 실지귀속에 따라 산정하며, 사업자가 건축물을 취득하거나 신축하면서
  발생된 매입세액과 관련하여 과세사업과 면세사업등에 사용될 면적 및 과세사업과 면세사업등에
  공통으로 사용될 면적이 객관적으로 구분되어 있는 경우 다음과 같이 매입세액을 안분계산한다.
  
  1. 건축물의 취득관련 매입세액에 대하여 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체 면적에서
  차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 공제하고, 면세사업등에만 전적으로 사용되는
  면적이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 불공제한다.
  
  2. 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액에 대하여는 그 사업부문
  에서 발생된 총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액의 비율에 의하여 안분 계산한 가액을 불
  공제한다.
  
  3. 해당 건축물에서 운영하는 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실,
  관리사무실 등)에 관련된 매입세액이 있는 경우 불공제되는 매입세액의 계산은 전체 사업에서
  발생된 총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액의 비율에 의하여 안분계산한다.
  
  신축하는 건축물의 매입세액 안분계산 사례
  
  【거래 사례】
  사업자 (주)북악이 2024. 1. 1. 사옥을 신축하여 2024. 4. 10. 준공한 후 건설업, 부동산임대업, 학원업을
  운영하기 위하여 다음과 같이 사옥을 사용하는 경우 2024년 제1기 과세기간에 공제받을 수 있는 매입세액
  공제 방법
  
  건물용도 및 면적 2024년 제1기 공급가액
  신축관련
  구분 면 세 과 세
  지 층 1~2층 3~4층 5층 매입세액
  건설업 학원업 건설업 임대업
  면적 100㎡ 300㎡ 400㎡ 200㎡
  3억원 3억원 1.5억원 7억원 5천만원
  용도 주차장 건설업(과･면세겸업) 임대업(과세) 학원업(면세)
  
  1) 지층은 주차장(이용료 무료)과 보일러실(건축물 난방용)이다.
  2) 층별 예정사용면적과 용도는 사업계획서 및 건축물대장에 의하여 객관적으로 확인 되었으며 실제 준공 후 당초
  계획에 따라 사용되었고 공급가액은 준공 후 해당 과세기간에 발생된 부가가치세 공급가액과 면세수입금액임
  
   【계산 방법】
  (1단계) 면적에 따라 실지귀속이 확인되는 매입세액 계산
  ① 과세 사업 관련 매입세액 (3~4층)：전액 공제
  400㎡
  300,000,000원 × = 120,000,000원
  (100㎡ + 300㎡ + 400㎡ + 200㎡)
  ② 면세사업 관련 매입세액(5층)：전액 불공제
  200㎡
  300,000,000원 × = 60,000,000원
  (100㎡ + 300㎡ + 400㎡ + 200㎡)
  ③ 일부 과세･면세 공통사용면적 관련 매입세액(1~2층)：2단계 안분계산 대상
  300㎡
  300,000,000원 × = 90,000,000원
  (100㎡ + 300㎡ + 400㎡ + 200㎡)
  ④ 전체 건축물 공통사용면적 관련 매입세액(지층)：3단계 안분계산 대상
  100㎡
  300,000,000원 × = 30,000,000원
  (100㎡ + 300㎡ + 400㎡ + 200㎡)
  (2단계) 일부 과세･면세사업 공통사업용면적에 대한 매입세액 안분계산
  위 1단계에서 건설업 사업부문에만 사용되는 건축물의 신축관련 매입세액(90,000,000원)을 (주)북악의
  해당 과세기간 과･면세 공급가액의 비율로 안분계산하여 불공제세액을 계산한다.
  300,000,000원
  90,000,000원 × = 27,000,000원
  (700,000,000원 + 300,000,000원)
  (3단계) 전체 과세･면세사업 공통사용면적에 대한 매입세액 안분계산
  지층에 귀속되는 매입세액(30,000,000원)의 경우 주차장을 (주)북악, 임차인, 외부방문객에게 무료로
  이용하게 하거나 보일러실은 건물 전체에 난방을 위한 공간이므로 특정 사업부문에 전속되는 것이
  아니므로 당해 사업장(건축물 전체)에서 발생된 모든 과세공급가액과 면세공급가액의 비율로 안분
  계산하여 불공제세액을 계산한다.
  (300,000,000원 + 150,000,000원)
  30,000,000원 × = 11,250,000원
  (300,000,000원 + 150,000,000원 +
  700,000,000원 + 50,000,000원)
  (4단계) 불공제 매입세액 합계：98,250,000원(60,000,000원 + 27,000,000원 + 11,250,000원)
  
  집행기준 40-81-7 건물의 자본적 지출에 관한 공통매입세액 안분계산방법
  
  사업자가 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용할 건물을 신축하면서 과세사업과 면세사업등에
  제공할 면적이 구분되어 건물 신축 관련 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 총 예정
  사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적 비율로 안분계산하고, 과세사업과 면세사업등의
  사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적 비율로 정산한 다음 해당 건물을 과세사업과 면세사업
  등에 사용하면서 건물의 취득원가를 구성하는 자본적 지출에 관련된 매입세액이 발생한 경우 그
  자본적 지출에 대한 매입세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대해서는 해당 과세
  기간의 총 건물사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산한다.
  
  집행기준 40-82-1 공통매입세액의 정산 방법
  
  ① 예정신고 시 안분계산한 공통매입세액
  공통매입세액의 안분계산에 있어 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간의 총공급가액에 대한
  면세사업등 공급가액의 비율에 따라 안분계산한 후 확정신고하는 때에 과세기간(예정신고분과
  확정신고분)의 총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액비율에 따라 정산한다.
  
  ② 매입가액비율 등으로 안분계산한 공통매입세액
  총공급가액에 대한 면세사업등 공급가액의 비율을 계산할 수 없어 매입가액비율, 예정공급가액
  비율 또는 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산한 경우 과세사업과 면세사업등의
  공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고를 하는 때에 정산하여야한다.
  
  공통매입세액 안분계산 및 정산 사례
  
  【문제】
  개인사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하기 위하여 2022.3.1.부터 사업을 개시하여 각 과세기간
  동안 발생된 공통매입세액, 수입금액이 아래와 같은 경우 각 과세기간별
  
  공통매입세액에 대한 안분계산 및 정산 방법
  (단위：천원)
  예정공급가액 실제공급가액
  구 분 공통매입세액 비 고
  과세분 면세분 과세분 면세분
  2022년 1기 8,000 120,000 40,000 0 0
  2022년 2기 16,000 120,000 40,000 50,000 0
  2023년 1기 10,000 150,000 50,000 0 40,000
  2023년 2기 4,000 - - 180,000 60,000
  2024년 1기 2,000 - - 120,000 80,000
  
  【계산 방법】
  1. 각 과세기간별 공통매입세액 안분계산
  (단위：천원)
  귀 속 안분계산 방법 계산 내역 공제가능 매입세액
  2022년 1기 예정공급가액 8,000×120,000/160,000 6,000
  2022년 2기 예정공급가액 16,000×120,000/160,000 12,000
  2023년 1기 예정공급가액 10,000×150,000/200,000 7,500
  2023년 2기 공통매입세액 정산 아래 정산내역 참조 3,000
  2024년 1기 당해공급가액 2,000×120,000/200,000 1,200
  
   2. 공통매입세액 정산
  공통매입세액은 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 발생한 2023년 2기에 정산함
  ∙ 공급가액이 확정되는 과세기간까지의 공통매입세액 합계액
  8,000천원 + 16,000천원 + 10,000천원 + 4,000천원 = 38,000천원
  ∙ 2023년 2기 공급가액에 대한 과세･면세비율
  180,000천원 / (180,000천원 + 60,000천원) = 0.75
  ∙ 공급가액이 확정되는 과세기간 전까지 공제세액 합계액
  6,000천원 + 12,000천원 + 7,500천원 = 25,500천원
  ∙ 당해 과세기간 공통매입세액 정산액
  38,000천원 × 0.75 - 25,5000천원 = 3,000천원
  
  집행기준 40-82-2 본점에서 공제받은 공통매입세액의 정산 사업장
  
  과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업등에 사용할 지점건물을 신축함에
  있어 매입세액의 안분계산 및 공통매입세액의 정산은 본점과 지점 중 세금계산서를 발급받은 어느
  쪽에서도 가능하다.
  
  출처: 국세법령정보시스템 세법집행기준 https://taxlaw.nts.go.kr/st/USESTE001M.do?ntstBscId=100000000000001571 (책자 PDF https://taxlaw.nts.go.kr/downloadPDFFile.do?fleId=300000000000988310&fleSn=893309)